L'ouvrage de Vacant s'interrompt en 1897. Depuis lors aucune histoire ne raconte ce qu'il est advenu de la bibliothèque du grand séminaire. Et pourtant, malgré les vicissitudes qu'elle a traversé, elle existe toujours, mieux, elle n'a jamais été aussi importante...
La collection personnelle de l'abbé Michel était conservée par les Dominicains. L'expulsion de ceux ci en 1903 donne lieu à un procès remporté par l'évêché: les livres ayant étés confiés et non donnés aux dominicains, l'Etat n'est pas en droit de les saisir. L'évêché est reconnu véritable propriétaire de la collection Michel qui est dès lors rattachée à la Bibliothèque du Grand Séminaire.
Acquisition d'archives maçonniques dans le contexe troublé de la séparation de l'Eglise et de l'Etat: la tradition rapporte qu'un prêtre aurait conduit ses fidèles dans les locaux des franc maçons pour les saccager et que des archives auraient été saisies; il est difficile de savoir quelle est la part de vérité mais il s'avère que la Bibliothèque a longtemps conservé une quantité importante d'archives maçonniques (registres manuscrits, éléments de costume), restituées en 2006 à la loge Saint Jean de Jérusalem de Nancy.
Tous les biens de l'Eglise sont perdus en raison de la séparation de l'Eglise et de l'Etat. L'inventaire dressé par Vacant en 1897 inventoriait 238 titres particulièrement précieux (manuscrits, incunables...). Lors de la séparation, la Bibliothèque Municipale choisit de confisquer 101 titres (environ 300 volumes); 33 titres disparaissent mystérieusement dans des collections particulières (certains ont été retrouvés depuis comme un manuscrit de Mgr de La Fare, acquis par la Bibliothèque Municipale); mais le fonds de la bibliothèque n'est pas atteint: 104 des titres précieux relevés par Vacant sont conservés, ainsi que l'essentiel des ouvrages moins précieux.
Privés de la Maison des Missions Royales, le séminaire et sa bibliothèque déménagent à la chartreuse de Bosserville.
Le Séminaire de l'Asnée est édifiée en 1936 pour abriter le séminaire. Une aile est construite pour abriter la bibliothèque. Les séminaristes disposent d'une salle au rez de chaussée.
Legs du cardinal Tisserant, décédé en 1972, de 20000 beaux volumes, dont beaucoup concernent le proche orient. Aménagement à cette occasion de la Salle Tisserant pour abriter cette collection exceptionnelle.
Une convention signée avec l'Université pour assurer l'accueil des étudiants. La Grande Bibliothèque était jusque là exclusivement réservée aux professeurs du Séminaire; les séminaristes disposaient d'une petite bibliothèque composée de volumes choisis. Aujourd'hui la bibliothèque est ouverte à tous, sans aucun frais d'inscription.
Achat de materiel informatique et réalisation d'un catalogue informatisé.
En 1999: rénovation et agrandissement de la salle Tisserant; aménagement du sous sol en réserve. Cette extension a permis de ranger les patrologies, les mélanges du Cardinal Tisserant, les revues, l'ésotérisme, les missels, un fonds d'archives contemporaines et certains ouvrages de la salle Tisserant (collections volumineuses au contenu vieilli...).
Création de l'association des amis de la Bibliothèque, afin de réfléchir et d'oeuvrer pour le bon fonctionnement de la bibliothèque (fourniture de matériel, financement de l'équipement informatique...)
Un directeur très photogénique!
Dons importants de l'abbé Choux
Disparition du Grand Séminaire en 2002, création de la Maison Diocésaine.
Déménagement en 2007 : la Bibliothèque est désormais installée dans l'ancienne chapelle ; création d'un Centre de Documentation sur les Religions.
Bernard Stelly part en retraite en novembre 2023; Cédric Andriot est le nouveau directeur, Claire Franc la bibliothécaire.